וירוס הפפילומה האנושי (HPV) הינו האחראי לרובם המכריע של מקרי סרטן צוואר הרחם, ואצל קרוב ל - 100% מן הנשים שאובחנו כחולות בסרטן צוואר הרחם, נמצא וירוס זה. קיימים למעלה מ - 100 זנים שונים של וירוס הפפילומה האנושי, אף שמתוכם 5 זנים אחראים לכ - 85%  ממקרי סרטן צוואר הרחם: זנים 16 ו 18 אחראים לכ - 70% ממקרי הסרטן ווזנים 31,33 ו - 45 של הוירוס הנחשבים כגורמי סיכון גבוה, אחראים על פי ההערכות למקרי הסרטן הנוספים, שיחד מהווים כאמור כ - 85% מכלל המקרים של סרטן צוואר הרחם.

בנוסף, זנים מסויימים של הוירוס אחראים להתפתחותן של למעלה מ - 90% המקרים של יבלות באיברי המין. כבר עתה יצוין, כי כיום קיים חיסון של סרטן צוואר הרחם, אשר נועד להגן מפני הידבקות בזנים של וירוס הפפילומה האנושי שאחראים למרבית מקרי הסרטן מסוג זה.

הוירוס מועבר במגע מיני, אך מאחר שהוא נמצא גם על פני העור באיברי המין או ביבלות באיברי המין (קונדולימות), הרי שדי במגע יד למשל כדי להעבירו לאיברי מין ולהידבקות בוירוס. כן יש לציין כי שימוש בקודנדום אינו מבטיח מניעת הידבקות ובשל העדר מידע מוכח בנושא, הנחת היסוד היא שקיים ספק באשר ליעילות הקונדום במניעת הידבקות בוירוס הפפילומה האנושי.

על פי ההערכות, במהלך חייהן, כ - 80% מהנשים יידבקו בוירוס הפפילומה האנושי, וחלק ניכר מהן בזנים המסוכנים של הוירוס העלולים להביא להתפתחות סרטן צוואר הרחם. אצל חלקן הוירוס ייעלם במהלך השנים עם תחלופת התאים בצוואר הרחם או בעקבות תגובה חיסונית של הגוף, אך כאשר הוירוס נשאר הוא עלול לגרום לשינויים היסטולוגיים (טרום סרטניים) בתאי צוואר הרחם שעלולים להביא להתפתחות סרטן צוואר הרחם, וזאת בעיקר אצל נשים שהוירוס לא נעלם תוך 3 שנים, שלפי הערכות שונות מהוות כ - 10 אחוזים מאלו שיידבקו בוירוס.

חשוב לציין כי וירוס הפפילומה האנושי נישא ופעיל גם אצל גברים, ואלו הנושאים אותו הינם בסיכון להתפתחות סרטן הפין או סרטן פי הטבעת, שהינו סרטן קטלני במיוחד. כמו כן, גברים הנושאים את הוירוס יכולים להדביק את שותפיהם ולאפשר המשך הפצתו של הוירוס. על כן, זיהוי הוירוס ומניעתו הינם בעלי משמעות ניכרת גם בקרב גברים, ובפרט גברים העלולים להימצא בסכון גבוה יותר לחלות בסרטן פי הטבעת, כגון הומווסקסואלים (מכאן החשיבות של חיסון סרטן צוואר הרחם גם ביחס לגברים, באם יאושר גם לחיסון גברים ונערים).

ההתפתחות המרכזית בנוגע למניעת וירוס הפפילומה האנושי חלה בשנת 2006 בה אושר לראשונה חיסון נגד זנים מסויים של הוירוס, האחראים לכ - 70% (!) ממקרי סרטן צוואר ברחם וכ - 90% מהיבלות באיברי המין, שלעתים , בהימצאות זנים מחוללי סרטן, מתפתחות לכדי סרטן.